ひねくれ者の駄文

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重要なのは真ん中

Crystal structure of a membrane-embedded H+-translocating pyrophosphatase

プロトン輸送性ピロホスファターゼの結晶構造解析@2.35Å.
ピロリン酸は化学式 H4P2O7 で表される無機化合物で,二つのリン酸間の結合が高エネルギー結合であり,この加水分解時のエネルギーを利用して,液胞内外のプロトン勾配を確立するという膜輸送体
プロトン勾配の形成という,割と重要そうな働きの割に詳しいことはあまり分かっていなかったそうな.

・非加水分解アナログ,イミド2リン酸との複合体構造
・基質は細胞質側に,Mg2+を介して認識されている
・プロトンの輸送経路は内側の6本の膜貫通ヘリックスで構成され,荷電性残基が経路を作っている


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まるで見てきたみたい

Structural basis for iron piracy by pathogenic Neisseria

髄膜炎・敗血症・淋病などの原因菌であるナイセリア菌。こいつらがヒトの粘膜で生き残るためには、トランスフェリンから鉄原子を取ってくる必要がある。(トランスフェリンがかなり鉄を強固に捉えて遊離の鉄原子を不足させるため、そもそも存在自体に抗菌作用があるらしい)
というわけで、生き残りをかけた鉄の分捕り戦略の解明をして、ナイセリア菌をやっつける手を増やしとこうぜ、という研究。

・TbpA(トランスフェリン結合タンパク質A)-hTF(ヒトトランスフェリン)複合体結晶構造とTbpB(トランスフェリン結合タンパク質B・補助受容体)の結晶構造をそれぞれ決定
・TbpB-hTF複合体SAXSX線小角散乱)で、三者複合体を電子顕微鏡で構造を確認した
・TFのFe結合部位に入り込んだTbpAのL3 helix fingerが結合サイトの側鎖の配向を崩して取り出しやすくしている

そして、まるで見てきたかのようなムービー付きである。
http://youtu.be/aRILd0EAhP4

固定の鍵とは?

X-ray structures of LeuT in substrate-free outward-open and apo inward-open states

神経伝達物質ナトリウム共輸送体(neurotransmitter sodium symporters; NSS)は、(中略)神経伝達を終結させる膜内在タンパク質である。
という感じの前フリから始まるのだが、解いたのはその細菌ホモログにあたるLeuT。やはり例によって真核生物由来のタンパクは調製が難しかったようである。(参考)

今回の件は、外向き開状態で高分解能で解けていたものを、今度は何とかして他コンフォメーションで解いてやりましたよ、という話。

・外向きに開きやすい変異体と内向きに開きやすい変異体のそれぞれを作製
・コンフォメーションに特異的に結合し、かつ、反対のタイプには結合しない抗体を作製
・Fab化抗体との共結晶化により、内向きに開いた構造を決定した

トレードの価数は

Structural Insight into the Ion-Exchange Mechanism of the Sodium/Calcium Exchanger

ナトリウムイオンとカルシウムイオンの交換体Na+/Ca2+ exchanger略してNCXである。エックスって便利だね。クリスタルがXtalだったり。
話がずれた。
カルシウムをナトリウム勾配を利用して外に出す。なぜ重要かといえば、シグナル伝達によく使われているから。(神経とか)
とはいえ、いきなり高等生物はしんどいからかどうなのかMethanococcus jannaschiiでやってますね。

・NCX_Mj構造を1.9 Åで決定
・細胞外側に開いた構造で、中心部には4つのイオンが結合が確認できた
・ヘリックスの配置の対称性を利用して、細胞内側に開いた構造モデルを提唱


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