ひねくれ者の駄文

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まるで見てきたみたい

Structural basis for iron piracy by pathogenic Neisseria

髄膜炎・敗血症・淋病などの原因菌であるナイセリア菌。こいつらがヒトの粘膜で生き残るためには、トランスフェリンから鉄原子を取ってくる必要がある。(トランスフェリンがかなり鉄を強固に捉えて遊離の鉄原子を不足させるため、そもそも存在自体に抗菌作用があるらしい)
というわけで、生き残りをかけた鉄の分捕り戦略の解明をして、ナイセリア菌をやっつける手を増やしとこうぜ、という研究。

・TbpA(トランスフェリン結合タンパク質A)-hTF(ヒトトランスフェリン)複合体結晶構造とTbpB(トランスフェリン結合タンパク質B・補助受容体)の結晶構造をそれぞれ決定
・TbpB-hTF複合体SAXSX線小角散乱)で、三者複合体を電子顕微鏡で構造を確認した
・TFのFe結合部位に入り込んだTbpAのL3 helix fingerが結合サイトの側鎖の配向を崩して取り出しやすくしている

そして、まるで見てきたかのようなムービー付きである。
http://youtu.be/aRILd0EAhP4

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新しいことはなんですかー

Structures of the multidrug exporter AcrB reveal a proximal multisite drug-binding pocket

2002年に構造が報告されて以来、いろいろと研究されているRNDスーパーファミリーの多剤排出輸送体AcrB。日本人が解いたからなのか、結構web上にも日本語記事あるのよね。
こんなのとか「機能を分子シミュレーションで初解明」おもろいな。

・今までより大きめの薬剤との複合体結晶構造を明らかにした
・結合ポケットが二段構えに存在して、多様な基質認識を行なっていた
・変異体解析により、基質の輸送経路を詳細に示した


分解能を上げてさらなる議論を

Structure of the membrane domain of respiratory complex I

呼吸鎖複合体I、NADHデヒドロゲナーゼの構造解析。電子伝達系を構成するタンパク質の一つであり、NADHを一分子酸化させるごとに4個のプロトンを汲みだして、プロトンの勾配を作り上げる。全体構造が既に解かれていたが、今回の論文では、大腸菌由来の膜内ドメインを3.0 Å分解能で明らかにした。6つのサブユニット、55本の膜貫通ヘリックスというこれだけでもかなりの大きさである。

・NuoL、NuoM、NuoN、NuoA、NuoJおよびNuoKからなり、このうちL・M・Nは相同な構造を取る
・NuoLの膜に平行なヘリックスHL(cytoplasm)と各サブユニットが持つシートβH(periplasm)によって構造が支えられている
・合計4つのchannelが存在し、サブユニットのプロトンポンプの主要素として機能しているのは、カルボン酸残基でなくリジン残基である


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彼方

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