ひねくれ者の駄文

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構造変化をどうつなげるか

Alternating-access mechanism in conformationally asymmetric trimers of the betaine transporter BetP

Kイオン濃度で活性化し,浸透圧制御に働くらしいbetaineトランスポーター.foldはLeuT-like.

・三量体構造でそれぞれが違う状態をとっている
・betaineとcholineが結合した構造も決定
・輸送の各段階の構造を決定したことで,構造変化の流れのモデルが提唱された


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それは果たして自然なものか

Crystal structure of lactose permease in complex with an affinity inactivator yields unique insight into sugar recognition

Lactose permease of Escherichia coli (LacY)の何個か目の論文。
ちなみにpermeaseってのは、透過酵素の意。基質のついたり離れたりの輸送の話を、ミカエリス・メンテンで議論出来るからってことらしい。

で、今回のまとめ。
・Cysに結合する反応性を持ち、かつ、LacYの輸送基質となるMTS-galactosideを加えて結晶
・A122Cの変異体でやると、輸送の阻害状態が見えた
・これは今までに解かれた基質入りの構造よりも、より基質が細胞内側にあり、その状態での構造を表しているものと思われる


大きな動きの予想は怖いね

Crystal structure of a phosphorylation-coupled saccharide transporter

phosphotransferase system (PTS)と呼ばれる、糖をリン酸化しつつ外界から取込む膜輸送体タンパクファミリーの構造解析論文。取り込みと同時にリン酸化してあるので、すぐ使える状態にしておくことが出来るというのが面白いところ。輸送・リン酸化などのモジュールごとに別れてゲノムにコードされていたり、ひとつなぎで存在していたりもする。その他、いろいろと発現調節に関わっているとかなんとか(今回の話には関係ないが

で、ポイントは、
・解けた構造は、輸送を担う部分EIICで、複雑なhelixの組み合せで成り立っている
・(GlcNAc)2を細胞質側のポケットに結合したoccluded state
・TM7-8間のループを利用して、ほぼ半分の領域がまるごと傾きを大きく変えることでoutward-openの構造になるのではないか、という仮説


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