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複合体なら解ける?

Cross-Crystal Averaging with Search Models to Improve Molecular Replacement Phases

あんまし読み込めていないと言うか、自分の基礎知識が足りないので、後でなんとかしようと思いつつ、暫定的にメモる。

表題のまんまであるが、分子置換Molecular Replacementで決めた位相Phaseを、結晶間Cross-Crystalで平均化して、改善してみた、というお話。

ポイントは、
・このaveraging法を用いることで分子置換の最大の弱点であるところの、モデルによるバイアスをかなり排除出来る
・ノイズの評価のために、p/sという指標を用意
・既知の構造+新規構造、の組み合せの全体構造を簡単に決められるようになるかも?






構造解析にまつわる手法の論文。

やっていることは、

1、複合体の結晶のデータ複数とPDBからファイルを取ってくる。
2、既知構造部分をMRで解く。Rは50くらいとかなり悪くていい(半分とかしか見えてないから当然)。
3、リファレンスへのmolecular maskを作製してから、averagingを実行。
4、改善されたマップを使ってリファイン。
5、3&4を繰り返す。
6、新規構造のモデルの完成。


ということらしい。molecular maskてなんやねんというのは、まあ、後で要お勉強。

んで、これをやるには最低これくらいの道具を使いこなさねばいかんらしい。いかん聞いたことすらないのがある……。

PHASER, DMMULTI, NCSMASK and MAPMASK in the CCP4 suite, MAPMAN and MAMA in the UPPSALA software factory, PDBSET, O, COOT, BUCCANEER, OVERLAPMAP



面白いのは、これから必要なのは単独分子での構造ではなく、複合体だって言うのとともに、これが使えるなら、構造がわかりきっているもの(antibodyとか)との複合体として結晶化することによって位相決めが簡単に行なえるかもしれない、という話。
何と言っても位相問題はYahoo!知恵袋にすら投稿されるくらいの結晶屋に取っての課題なので、まあ、解決手段は多い方がいい。

これからは、タグ付きタンパクにAntiタグモノクロ抗体複合体結晶構造なんてモノがでてく……やらんな。普通にMADでええやん(えー
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