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傾き過ぎじゃね?

The crystal structure of GXGD membrane protease FlaK

膜に存在し、膜貫通基質を切断する活性を保つGXGDプロテアーゼ結晶構造。触媒活性に一対のアスパラギン残基を必要とする事が知られているが、その詳細は不明。
GXGDモチーフを持つfamilyは、細菌の病原性やアルツハイマー病との関連性があるとされている。

・6本のヘリックスが斜めに傾いて膜貫通部位を形成している
・GXGDのある短いヘリックスが中央にあり、その付近に解析された活性に関係する残基が集合している
・活性に必要な二つのアスパラギンは10Å以上離れており、活性化のためにコンフォメーションの変化が必要と考えられる







まずつっこみどころとしては、厚さ20Åの膜を想定するよりは、素直に膜貫通型ではなくて表在とか埋め込み型って事にしておけば良かったような。
活性部位が表層にないのも気になるところで、今回の構造が不活性型だとしても、どうやってプロテアーゼとして機能するのかが見えてきていないわな。

メソッドの方を見ると、可溶化が1% foscholine-12というあまりにもアグレッシブなものを使っている上に、半分くらい沈殿に逝ってしまうらしいとかあって、まともな構造なのか不安になってくる。
一応、精製産物で活性測定ができているので、全くダメってワケでもないが。

クロスリンクの実験はなぜ載せたし、ってレベルの内容な気がするんですが、誰かポジティブに解釈して下さい。
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